Fluxbox'ın, Blackbox gibi, bunun için sadece iki aracı vardır - Aslında, Blackbox takiyle aynı isimlere sahiptirler: bsetroot ve bsetbg. Hadi nasıl çalıştıklarına bakalım.
bsetroot xsetroot 'un karşılığıdır. xsetroot arkaplanları basit oldukları sürece (mesela tek renk) ayarlayabilir. bsetroot ayrıca "gradient" olanları da ayarlayabilir.
bsetbg ise daha yüksek-seviyeli bir programdır. Aslında arkaplan belirleyen diğer yardımcı programlara bir "wrapper" olarak çalışır. Mesela wmsetbg, Esetroot, ImageMagick'den display uygulaması, vs. İlk olarak çalıştırıldığı zaman ~/.fluxbox/bsetbg ayar dosyasını oluşturur. bu dosya onu kullanabilecek programları ayarlar. Bunları değiştirmek için istediğiniz zaman bu dosyayı edit edebilirsiniz. Transparanlık imkanı olan xchat ve Eterm gibi 'Transparan' uygulamalar kullanabilmek için ya wmsetbg yada Esetroot kullanmanız gerekir.
Blackbox'ın kusurlarından birisi de arkaplanının tamamen temaya bağlı oluşudur. Ne zaman temayı değiştirseniz arkaplan olarak tema yazarının seçtiği arkaplan gelir. Birçok insan bu davranışı sevmez. Fluxbox'ta bunu düzeltmek için bir yol vardır. ~/.fluxbox/init dosyanıza böyle bir satır ekleyin:
session.screen0.rootCommand: bsetbg -f ~/backgrounds/zimdib_dark.png
Ve buraya ne koyduysanız o sizin arkaplanınız olacaktır, tema'nın yazarının ne dediği önemli değil.